Un binaire est un fichier exécutable qui possède souvent l’extension .exe
La quasi majorité des logiciels installés sur votre ordinateur sont des fichiers binaires directement exécutables.

Avec un logiciel open source, on a accès … au code source. Et il est possible, surtout pendant la phase de développement d’une nouvelle version, de compiler soit même l’application à partir du code source grâce à un compilateur. Mais ce genre d’opération n’est pas aisé pour un néophyte.

Plus d’infos ici : http://fr.wikipedia.org/wiki/Fichier_binaire
et ici : http://fr.wikipedia.org/wiki/Compilateur